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Y las cosas también pintaban bien en lo que se refiere a un resurgimiento inmediato; Después de la ronda principal quedaron terceros en la Liga Regional Central, empatados a puntos con el segundo clasificado, el SC 04 Schwabach. A finales de mayo de 2005, Jahn, que tenía dificultades para compensar económicamente el descenso de la 2.ª Bundesliga, estuvo al borde de la extinción porque la junta directiva no fue destituida en la asamblea general. Aunque la ETB siguió siendo de primera categoría como miembro de la Gauliga Niederrhein hasta el final de la temporada 1942/1943, aparte de tres subcampeonatos, no se ganó ningún título. Sin embargo, como era de esperar, la SSV no compitió en la recién fundada Oberliga, sino sólo en la segunda división Bayernliga. Aunque los últimos puestos en la Gauliga hubieran sido suficientes para conseguir un nuevo puesto en la primera división, se quería que la nueva liga estuviera ocupada por equipos de las regiones metropolitanas y no por un club de la “provincia del Alto Palatinado”, pero Kristl no exitoso; después de un 0:2 contra 1. En la jornada 16, el FC Union Berlin estaba en zona de descenso con sólo 12 puntos junto al SSV Jahn. Pasaron cuatro años hasta que Jahn finalmente aterrizó en la liga mayor. En 1971 ascendieron a la Oberliga Süd, la segunda liga alemana más importante en ese momento (después de la Bundesliga de tenis de mesa).
Además del Borussia Dortmund, otros equipos alemanes que ganaron la Recopa de Europa fueron el FC Bayern Munich (1967), el Hamburger SV (1977) y el Werder Bremen (1992). La mejor posición fue el octavo puesto en 1954. De 1967 a 1974 (Liga Regional Sur) y de 1975 a 1977 (2.ª Bundesliga Sur) el equipo fue de segunda categoría. Como el segundo equipo ya jugaba en esta liga, tuvo que descender a la liga estatal. Aunque su contrato se amplió un año más con la clasificación para la 3ª liga, Güttler estaba decidido a dejar a Jahn, lo que luego describió como "el mayor error de mi carrera como entrenador". El objetivo de la temporada era volver a clasificarse para la Copa de Europa y permanecer en las competiciones de copa el mayor tiempo posible. Para la temporada 2006/07, el presupuesto más alto de la Bayernliga se estimó en 1,2 millones de euros para poder ascender inmediatamente, ya que la temporada siguiente en la liga regional el objetivo era clasificarse para la nueva tercera división de pista única. quería ser parte de ello para evitar otra caída en la insignificancia deportiva. Se inició un procedimiento de insolvencia y hubo amenaza de descenso forzoso a la Bayernliga.
Por primera vez, Jahn descendió a la quinta división de la liga estatal; después de que el rival local SG Post/Süd Regensburg ascendiera a la Bayernliga, el club solo ocupó el segundo lugar en la ciudad. Después la liga se llamó Liga Si durante años debido al patrocinador principal. mobil Vodafone, desde la temporada 2006/07 se llama PrvaLiga Telekom Slovenije porque cambió de patrocinador. En Liga se proclamó subcampeón de España por primera vez con Diego Simeone como entrenador. Pero al comienzo de la temporada 2003/04 de la Segunda División se produjo una gran agitación; el entrenador y casi todo el equipo de ascenso fueron sustituidos. Aunque Nerb había asegurado al inicio de su mandato que no interferiría en el negocio deportivo y que sólo se ocuparía de los asuntos económicos del club, equipaciones de futbol baratas había pedido un poder que le hubiera permitido intervenir en los entrenamientos diarios. El club Guerreros de Acapulco fue creado en 1986 cuando se mudó el equipo de tercera división Surianos de Iguala, que también tenía su sede en Guerrero. La situación financiera del club todavía era tensa en ese momento.
Para lograr este objetivo se realizaron algunas transferencias; Así ocurre con Petr Stoilov (favorito del público durante algunos años y máximo goleador de Jahn durante un tiempo) y, sobre todo, Mersad Selimbegovic (que permanecería en el club durante 17 años como jugador, entrenador juvenil, segundo entrenador y entrenador principal)., dos jugadores que llegaron al SSV deberían marcar la suerte del club en los próximos años. Al final de la temporada también se rescindió el contrato con el director deportivo Jenö Rauch; La dirección del club estaba ahora formada por el presidente Nerb y el director deportivo Eberl. A pesar de estos incidentes fuera del campo, Jahn supo impresionar a nivel deportivo, alcanzando el octavo puesto en la liga regional. En la temporada 2009/10, Jahn ganó la Copa Toto de Baviera; Así pudo volver a participar en la Copa DFB por primera vez en cinco años (ver apartado Copa DFB). Como hasta noviembre Jahn sólo había logrado tres victorias, cuatro empates y cinco derrotas, Ingo Peter fue despedido. La segunda mitad de la temporada fue muy variada con cinco victorias, dos empates y diez derrotas, pero al final el SSV pudo mantenerse en el noveno lugar y así clasificarse para la tercera liga. En 1949/50, 1953 a 1958 y 1960/61, el Jahn perteneció a la primera división. De 1954 a 1957, la leyenda del fútbol austriaco Josef “Pepi” Uridil asumió el puesto de entrenador en el SSV Jahn Regensburg como sucesor de su compatriota Franz “Bimbo” Binders.